Vēsturiski kopti savas kopienas rašanos Ēģiptē saista ar sv.Marka, Kristus mācekļa un evaņģēlista, braucienu uz Aleksandriju. Saskaņā ar tradīciju koptu baznīca ir viena no senākajām Tuvajos Austrumos, kā arī pirmā kristiešu baznīca Āfrikā. Tā radusies desmit-divdesmitu gadu laikā pēc Augšāmcelšanas. Līdz ar to koptu kopiena bijusi viens no agrīnās kristietības pīlāriem.